查干花种畜场结合全场工作实际，在本单位共设置19个职能办公室，分别是：

党委办公室：负责综合协调、信息报送、办文办公等；

行政办公室：负责后勤管理、来人接待、机关服务等；

信访办公室：负责全场来信来访、群众诉求解答等；

综治办公室：负责全场综合治理各项工作；

工青妇办公室：负责全场工会、妇联及团委各项工作；

农林科：负责全场农业、林业、水利及农机等相关工作；

畜牧科：负责全场牧业工作，特别是西门塔尔牛和苏博美利奴羊的培育和推广工作；

劳资科：负责全场职工养老保险及退休工人相关工作；

社会事务科：负责全场低保救助、残疾人保障等工作；

计财科：负责全场财务收支管理工作；

土地科：负责全场土地办证、规划及监管工作；

统计科：负责全场招商引资和固定资产等统计工作；

计生站：负责全场计划生育各项工作；

草原站：负责全场草原的管理和看护工作；

防疫站：负责全场牲畜各种疾病的防疫工作；

司法所：负责群众矛盾纠纷排查和化解等工作；

街道办：负责全场环境综合整治工作；

老年活动中心：负责退休职工及老年群众文化娱乐活动；

办事处：负责办理县内相关工作。